Onde = lugar em que/ em que (lugar). Indica permanência, o lugar em que se está ou em que se passa algum fato. Complementa verbos que exprimem estado ou permanência e que normalmente pedem a preposição em:
Onde estás? – Em casa.
Você sabe onde fica o Sudão? – Na África.
Onde moram os sem-terra?
Não entendo onde ele estava com a cabeça quando falou isso.
De onde você está falando?
Não sei onde me apresentar nem a quem me dirigir.

Aonde = a que lugar. É a combinação da preposição a + onde. Indica movimento para algum lugar. Dá ideia de aproximação. É usado com os verbos ir, chegar, retornar e outros que pedem a preposição a. Exemplos:
Aonde você vai todo dia às 9 horas? – A Brusque.
Sabes aonde eles foram? – Ao cinema.
A mulher do século 21 sabe muito bem aonde quer chegar.
Não sei aonde ou a quem me dirijo.
Aonde nos levará tamanha discussão?
Faz três dias que saiu do Incor, aonde deverá retornar brevemente para uma revisão.
Estavam à deriva, sem saber aonde ir. Há lugares no universo aonde não se vai sozinho.

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